Publications - Équipe A. Claessens
Voir l'ORCID d'Antoine Claessens pour la liste complète des publications.
| Principales publications évaluées par des pairs | Commentaire |
| Bhardwaj I, Nyarko P, ... Radulescu O, Claessens A (2024). Diverse var gene expression sustained by rapid switching facilitates malaria infection. Preprint, en cours de révision dans Plos Genetics. Auteur principal correspondant. | En utilisant des isolats de P.f. de Gambie, nous avons mesuré le taux de commutation du gène var in vivo et in vitro, et nous l'avons trouvé beaucoup plus élevé que ce qui avait été estimé précédemment. |
| Fogang B,... , Claessens A (2024). Détection de nouveaux haplotypes de Plasmodium falciparum sous pression de traitement dans le paludisme sévère pédiatrique. PrePrint sur MedRxiv, en cours de révision dans Microbial Genomics. Auteur principal correspondant. | Nous avons constaté que le séquençage d'amplicons est plus sensible que le WGS dans la détection de génomes multiples de P. falciparum dans les cas de paludisme grave. Lors de l'élimination des parasites, nous avons identifié de nouveaux génotypes de parasites apparaissant dans la circulation après le traitement, ce qui met en évidence la complexité des infections. |
| Guery MA,... , Claessens A (2024). Household clustering and seasonal genetic variation of Plasmodium falciparum at the community-level in The Gambia. eLife. doi : 10.7554/eLife.103047.1 Auteur principal correspondant. | Nous avons collecté environ 400 codes-barres génétiques de P. falciparum et environ 200 génomes sur une période de deux ans en Gambie. Nous avons constaté que les populations de parasites se recombinent fréquemment, avec une parenté génétique plus élevée observée au sein des ménages, et que les porteurs asymptomatiques jouent un rôle essentiel dans le maintien de la transmission du paludisme. |
| Stewart LB, Lantero-Escolar E, Philpott J, Claessens A, Alfred Amambua-Ngwa, Conway D (2024). Des taux de multiplication plus élevés de Plasmodium falciparum dans les isolats provenant de cas hospitaliers par rapport aux infections communautaires. Scientific Reports (sous presse). | En utilisant des isolats de P.f. de Gambie, nous avons trouvé que le taux de multiplication in vitro du parasite est en corrélation avec la parasitémie in vivo. Notre hypothèse est que la variation naturelle intrinsèque du taux de multiplication du parasite peut affecter les niveaux de parasitémie atteints pendant l'infection. |
| Diffendall G, Claës A, ..., Loew D, Claessens A, Scherf A (2024). RNA polymerase III is involved in regulating P falciparum virulence. eLife. doi : 10.7554/eLife.95879.2 | En collaboration avec le laboratoire d'Artur Scherf, nous avons montré que la transcription de l'ARN polymérase III chez P falciparum est régulée à la baisse dans les isolats de terrain pendant la saison sèche, ce qui contrôle à son tour la transcription des gènes RUF6 et var. |
| Miotto O, partenaires de MalariaGEN, (2024). Un cryptotype complexe de Plasmodium falciparum circulant à faible fréquence sur le continent africain. Lancet Microbes. Doi: 10.1016/j.lanmic.2024.07.004 | À mon humble avis, le résultat le plus passionnant de ces dernières années en épidémiologie génomique est la découverte d'une nouvelle sous-espèce rare de P. falciparum. Nous prévoyons de poursuivre ce travail avec des isolats du Centre national de référence du paludisme. |
| Fogang B, Lellouche L, ..., Bousema T, Claessens A* (2024). Le portage asymptomatique de Plasmodium falciparum à la fin de la saison sèche est associé à une infection ultérieure et à un paludisme clinique dans l'est de la Gambie. Malaria Journal. doi : 10.1186/s12936-024-04836-y. Auteur principal correspondant. | Lorsque j'étais basé au MRC-Gambie, nous avons recruté environ 2000 personnes sur une période de 2,5 ans. On pensait que le fait d'être infecté de manière asymptomatique par P. falciparum pendant la saison sèche "renforcerait" le système immunitaire et protégerait contre le paludisme symptomatique. Cependant, nos données ont montré que c'est l'inverse : être asymptomatique est un facteur de risque pour les infections symptomatiques ultérieures. |
| Claessens A*, Stewart L,..., David Conway (2023). Variation génomique au cours de l'adaptation à la culture d'isolats cliniques génétiquement complexes de Plasmodium falciparum. Microbial Genomics. DOI 10.1099/mgen.0.001009. Auteur correspondant. | Caractérisation la plus complète des génomes de P. falciparum au cours du processus d'adaptation à la culture, y compris à partir d'infections polyclonales. Grâce à la WGS du plus grand ensemble de données d'isolats en cours d'adaptation à la culture, nous avons identifié des mutations avec perte de fonction et des interactions dynamiques entre de multiples génotypes de P.f.. |
| Consortium MalariaGEN (2023). Pf7 : un ensemble de données ouvertes sur les variations du génome de Plasmodium falciparum dans 20 000 échantillons mondiaux. Wellcome Open Research. | MalariaGEN est un consortium d'environ 40 laboratoires travaillant sur l'épidémiologie génétique du paludisme. Ensemble, nous avons contribué à la plus grande base de données de génomes de P.f. |
| Collins K, Ceesay S, ..., Bousema T & Claessens A* (2022). Une étude de cohorte sur la durée des infections à Plasmodium falciparum pendant la saison sèche en Gambie. Journal of Infectious Diseases. https://doi.org/10.1093/infdis/jiac116. Auteur principal correspondant. | À partir de la cohorte que j'ai recrutée en Gambie, nous avons caractérisé les hôtes humains et les parasites des infections chroniques à P.f. Le séquençage unicellulaire de ces échantillons sera bientôt disponible... |
| Sarah-Matio EM, Guillochon E, Nsango S, ..., Claessens A, Lefèvre T, Berry A, Morlais I (2022). Diversité génétique de Plasmodium falciparum et distribution des mutations de résistance aux antipaludiques dans les infections symptomatiques et asymptomatiques. Antimicrob Agents Chemother. doi : 10.1128/aac.00188-22 | Mon rôle consistait à analyser les données de séquençage d'amplicons. |
| Guéry MA & Claessens A (2021). Order within chaos : Harnessing Plasmodium falciparum var gene extreme polymorphism for malaria epidemiology. Perspective (Commentaire) sur Tonkin-Hill et al, PLOS Genetics. Doi: 10.1371/journal.pgen.1009344. Auteur principal correspondant | Document de référence. |
| Consortium MalariaGEN (2021). Un ensemble de données ouvertes sur les variations du génome de Plasmodium falciparum dans 7 000 échantillons mondiaux. Recherche ouverte Wellcome. | MalariaGEN est un consortium d'environ 40 laboratoires travaillant sur l'épidémiologie génétique du paludisme. |
| Nyarko P & Claessens A (2021). Comprendre les interactions entre l'hôte, l'agent pathogène et le vecteur dans le cas d'infections paludéennes chroniques asymptomatiques. Opinion dans Trends in Parasitology. doi : 10.1016/j.pt.2020.09.017. Auteur principal correspondant. | Opinion Review décrivant nos projets actuels et futurs. Auteur correspondant. |
| Stewart L, Diaz-Ingelmo, Claessens A, ..., Conway DJ (2020).Intrinsic multiplication rate variation and plasticity of human blood stage malaria parasites. Communications Biology. https://doi.org/10.1038/s42003-020-01349-7 | Base génétique de l'adaptation culturelle, j'ai écrit un blog "Behind the paper" à ce sujet. |
| Consortium pour les carnets de laboratoire ouverts (2019). Open laboratory notebooks : bon pour la science, bon pour la société, bon pour les scientifiques. F1000Research. Doi: 10.12688/f1000research.17710.2 | Un consortium international qui va au-delà des principes FAIR, pour rendre la science plus reproductible grâce aux "carnets de notes ouverts". |
| Otto T, Bohme U, ..., Claessens A, ..., Newbold C, Berriman M (2018). Les assemblages de longues lectures d'isolats de Plasmodium falciparum géographiquement dispersés révèlent des subtélomères hautement structurés. Wellcome Open Research. doi : 10.12688/wellcomeopenres.14571.1 | Séquençage à long terme de 15 isolats de P. falciparum pour l'analyse comparative de l'ensemble du génome, avec un accent particulier sur les régions subtélomériques et les groupes de gènes var internes. |
| Claessens A, Harris LM, Stanojcic S, Chappell L, et al. (2018) Les hélicases RecQ du parasite du paludisme Plasmodium falciparum affectent la stabilité du génome, les modèles d'expression génique et la dynamique de la réplication de l'ADN. PLoS Genetics. doi: 10.1371/journal.pgen.1007490 | Première caractérisation d'une protéine impliquée dans la stabilité du génome chez P. falciparum. Cité 23 fois (Google Scholar). |
Publications récentes
Claessens A, Stewart LB, Drury E, Ahouidi AD, Amambua-Ngwa A, Diakite M, Kwiatkowski DP, Awandare GA, Conway DJ (2023) Genomic variation during culture adaptation of genetically complex Plasmodium falciparum clinical isolates. Microb Genom 9:mgen001009. doi:10.1099/mgen.0.001009
Diffendall G, Claës A, Barcons-Simon A, Nyarko P, Dingli F, Loew D, Claessens A, Scherf A (2023) RNA polymerase III is involved in regulating Plasmodium falciparum virulence. BioRxiv 2023.07.18.549525. doi:10.1101/2023.07.18.549525
MalariaGEN ; Abdel Hamid MM et al (2023) Pf7 : an open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 20,000 worldwide samples. Wellcome Open Res 8:22. doi:10.12688/wellcomeopenres
Claessens A, Stewart LB, Drury E, Ahouidi AD, Amambua-Ngwa A, Diakite M, Kwiatkowski DP, Awandare GA, Conway DJ (2022) Genomic variation during culture-adaptation of genetically complex Plasmodium falciparum clinical isolates. BioRxiv 2022.09.14.507918. doi:10.1101/2022.09.14.507918
Sarah-Matio EM, Guillochon E, Nsango SE, Abate L, Ngou CM, Bouopda GA, Feufack-Donfack LB, Bayibéki AN, Tchioffo Tsapi M, Talman A, Marin-Menendez A, Ayong L, Claessens A, Lefèvre T, Berry A, Morlais I (2022) Genetic Diversity of Plasmodium falciparum and Distribution of Antimalarial Drug Resistance Mutations in Symptomatic and Asymptomatic Infections. Antimicrob Agents Chemother 66:e0018822. doi:10.1128/aac.00188-22
Collins KA, Ceesay S, Drammeh S, Jaiteh FK, Guery MA, Lanke K, Grignard L, Stone W, Conway DJ, D'Alessandro U, Bousema T, Claessens A (2022) A Cohort Study on the Duration of Plasmodium falciparum Infections During the Dry Season in The Gambia. J Infect Dis 226:128-137. doi:10.1093/infdis/jiac116
MalariaGEN ; Ahouidi A et al (2021) An open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 7,000 worldwide samples. Wellcome Open Res 6:42. doi:10.12688/wellcomeopenres
Guery MA, Claessens A (2021) Order within chaos : Harnessing Plasmodium falciparum var gene extreme polymorphism for malaria epidemiology. PLoS Genet 17:e1009344. doi:10.1371/journal.pgen.1009344
Nyarko PB, Claessens A (2021) Understanding Host-Pathogen-Vector Interactions with Chronic Asymptomatic Malaria Infections. Trends Parasitol 37:195-204. doi:10.1016/j.pt.2020.09.017
Stewart LB, Diaz-Ingelmo O, Claessens A, Abugri J, Pearson RD, Goncalves S, Drury E, Kwiatkowski DP, Awandare GA, Conway DJ (2020) Intrinsic multiplication rate variation and plasticity of human blood stage malaria parasites. Commun Biol 3:624. doi:10.1038/s42003-020-01349-7
Claessens A, Harris LM, Stanojcic S, Chappell L, Stanton A, Kuk N, Veneziano-Broccia P, Sterkers Y, Rayner JC, Merrick CJ (2018) Les hélicases RecQ du parasite du paludisme Plasmodium falciparum affectent la stabilité du génome, les modèles d'expression génique et la dynamique de la réplication de l'ADN. PLoS Genet 14:e1007490. doi:10.1371/journal.pgen.1007490